一、指代不同
1、有機肥：主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。
2、生物有機肥：是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
二、特點不同
1、有機肥：經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長。
2、生物有機肥：生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，起到群體的協同作用，有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物。
促使有機物的分解轉化，能直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。

三、優勢不同
1、有機肥：可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。
2、生物有機肥：生物有機肥回收利用農業廢棄物，減少環境污染，對人、畜、環境安全、無毒，是一種環保型肥料。