①選購生物有機肥時，要注意生產日期，不用過期產品，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性就會顯著降低。
②看生物有機肥有無農業部登記證，正規生產廠家的產品都應該有農業部登記證號，省農業廳不批準生物菌肥登記。
③生物有機肥還要看活菌數量是否符合國家規定，國家規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克，顆粒狀的≥1億/克，符合生物肥料和生物有機肥的有效活菌數≥2000萬/克。切記不合格的生物菌肥不要購買使用。
④生物有機肥最好與經過充分腐熟的有機肥混合使用，其效果要遠好于單獨施用有機肥和生物菌肥。
⑤生物有機肥避免開袋后長期不用，要注意密封儲存以免菌種流失。開袋后長期不用，其他細菌就可能侵入袋內，使肥料中的微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
⑥生物有機肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑同時使用，也不要在使用生物菌肥后再實行土壤消毒。
⑦生物有機肥適宜的土壤濕度為60%左右，所以要注意不要在過分干旱時使用。
⑧生物有機肥對于陽光中的紫外線敏感，不宜采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚于土壤中施用。
⑨生物有機肥施入土壤后，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，在果樹根系開始生長前使用。
⑩生物有機肥避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的農家肥施入地里會產生二次發酵升溫，高溫會殺死菌肥微生物，影響微生物菌種的活性和發揮。