1、提高產量與品質
微生物菌劑能夠為農作物提供大量的營養元素，促進作物的生長。而且很多微生物還能夠分泌出赤霉素、細胞分裂素等各種活性物質，對種植植物的生長法樂是非常有利的，可達到增產的目的。而且微生物菌劑還能夠提高作物的品質。有過專業數據調查顯示，在使用了微生物菌劑之后，農作物中的蛋白質、氨基酸等營養元素含量有效提高。對作物的果實、籽粒等發育都能夠起到很大的幫助。
2、增強作物抗逆性
在大部分的微生物菌劑中，微生物都有著能夠分泌抗生素類物質的作用。其中包含的活性酶，對細菌有著極強的抑制性，甚至可以將其殺死。因此不僅能夠降低作物病蟲害的發病率，還能夠提高作物的抗逆性。例如在使用了微生物菌劑之后，農作物的抗寒抗旱甚至是抗倒伏能力都有所增強。同時還能夠有效的減少一些生理性病害，避免在種植中產生一些不必要的損失。
3、提高化肥利用率
微生物菌劑中含有的微生物大部分都是可以將土壤內有機物質分級的。在分級有機質的時候，會逐漸形成腐殖酸。而腐殖酸又會和土壤內的氮元素相結合形成一種腐殖酸銨，能夠明顯的降低氮肥流失量。除此之外，還有一些微生物菌劑能夠將土壤內已經固化的磷鉀肥分解成速效磷鉀肥。從而提高化肥的利用率，不僅降低了肥料投入成本，還能夠避免浪費過多資源。
4、改善土壤養分
微生物菌劑中的有效菌能夠將土壤內一些難溶性的養分進行溶解，從而提高土壤的養分含量，是作物有更多的營養。有效菌還能夠分泌出許多胞外多糖物質。這種物質主要作用是能夠將土壤內的團粒結構粘合在一起，提高土壤的疏松度、通透性等。從而減少水土流失，改善土壤養分。將土壤內的潛在養分活化，提高土壤的肥力，促使作物健康生長。
