“十二連增”的成績值得肯定，但是受耕地、淡水等資源環境約束，連續增產的難度越來越大，糧食產量進一步增長的空間受限。而且，長期以來，為了追求連續增產，在粗放的農業生產模式下，農業資源過度開發利用，生態存在嚴重透支的問題。
　　中央財辦副主任、中央農辦副主任韓俊去年1月曾表示，“有些地方地沒法種，水也不能澆，資源環境舊的欠債沒有還，新的欠債還在繼續發生。”農業部部長韓長賦稱，連續增產所付出的代價是，農業資源環境已經亮起“紅燈”。農業面源污染、耕地質量下降、地下水超采等問題越來越突出。
　　以化肥為例，中國的總產量和消費量均占世界1/3以上。但是，消耗了全球35%的化肥，生產了全球21%的糧食，這是我國糧食多年連增背后的尷尬現實。農業部數據顯示，中國農作物畝均化肥用量是美國的2.6倍，歐盟的2.5倍。
　　中國農業大學環資學院教授張福鎖稱，當前我國耕地退化的三大主要表現是土壤侵蝕、酸化和鹽堿化。其中，土壤酸化的主要推手之一就是化肥的過量使用。他解釋說，自然界土壤PH值下降一個單位需要上萬年，但我國耕地PH值下降0.5個單位卻只用了30年，土壤酸化速度之快令人咋舌。而土壤酸化將導致農產品品質下滑，造成病蟲害易發，甚至重金屬超標，造成食品安全問題。
　　除了化肥以外，農業生產中水利灌溉、地膜、農藥等傳統農業要素投入的增速也比糧食產量的增速快得多。這導致農業超過工業成為最大的污染源。

　　尤為重要的是，中國糧食目前面臨供給側的結構性矛盾。
　　在2月底召開的“2016中國三農發展大會”上，農業部貿易促進中心主任倪洪興說，近年來發生的大宗農產品庫存積壓和“賣糧難”，與以往不同，是在國內產需存在缺口、國內生產總量沒有超過需求總量的背景下發生的。他認為，造成這一問題最重要的原因是進口過度，即超過正常產需缺口之上的“非必需進口”大量增加。
　　倪洪興提到，2015年過度進口問題繼續加劇。考慮可釋放庫存，2015年我國糧食供需基本不存在缺口，但全年進口1.24億噸，占全年糧食總產量的19.3%，并且呈現非常明顯的大豆主導型進口格局。
　　據統計，2000~2015年，玉米總產量提高111.9%，對全國糧食增產的貢獻率達74.5%。這是由于受最低收購價政策扭曲，玉米比較效益更為明顯，因此擠占了大豆等其他作物的種植面積。但結果卻是，玉米及玉米替代品均大量進口。
　　這是一個非常奇怪的現象：被替代的大豆種植面積減少，產量隨之不斷降低，成為中國需求增長最快、供求缺口最大的一個品種，對國際市場的進口依賴度已超過80%。而政策一直鼓勵種植、720萬噸進口關稅配額從未用完的玉米，在進口不斷增加的同時，國內托市收購的庫存也屢屢創歷史新高。
　　大豆大量進口的原因，在于價格優勢。受入世后市場開放影響，我國大豆生產徘徊下滑，由最高1800萬噸減少到目前的1200萬噸。而2015年，中國進口的大豆為8169萬噸，占全世界大豆出口量的七成。按照我國目前8畝地可生產1噸大豆計算，如果2015年進口量全部國產的話，將需要6.5億畝耕地。
　　而國土資源部公布的第二次全國土地調查數據顯示，截至2009年底，中國耕地總量為20.31億畝。據國家統計局數據，2015年全國玉米播種面積只有5.72億畝。中國農業大學校長柯炳生稱，即使把玉米都改種大豆，也種不出來這一天量，進口大豆是必不可少的選擇。
　　玉米的大量進口也同樣由于國內外玉米價格的倒掛——國內農產品價格明顯高于國外農產品進口到岸完稅以后的價格。
　　中央農村工作領導小組副組長、辦公室主任陳錫文年初就此問題表示，增產的未必是需要的，減產的恰恰是需求必須滿足的。這是當前糧食供求當中的突出矛盾。倪洪興也認為，綜合考慮品種調劑需要和具體產品存在的硬缺口以及糧食產品間的替代性，估計進口中有一半以上為非必需進口。
　　此外，在高庫存水平下，2015年食糖進口485萬噸，增長39.0%，占國內生產量的46%;棉花棉紗合計進口411萬噸，占國內生產量的70%多。
　　“非必需進口”的不斷增加，倪洪興解釋稱，直接原因是內外價差擴大，根本原因是農業基礎競爭力先天不足。此外，原因還包括保護、調控手段后天缺乏，國際市場價格波動下行。
　　他說，我國大宗農產品進入了成本快速上漲時期，生產成本必然與瑞士、日、韓的水平日趨接近，與美加澳等主要出口國的差距不斷拉大。
　　同樣值得特別關注的是，當前前所未有的糧食高庫存，使安全儲糧形勢異常嚴峻、壓力巨大。由此帶來財政“壓力山大”，以至于財政部部長樓繼偉在去年清華大學的演講中直指玉米產業鏈問題，表示要將糧食價格改革提到新高度。