1）有機肥料含有大量的有機質，具有明顯的改土培肥作用；化學肥料只能提供作物無機養分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越種越饞”。

2）有機肥料含有多種養分，所含養分平衡；而化肥所含養分種類單一，長期施用容易造成土壤和食品中的養分不平衡。

3）有機肥料養分含量低，需要大量施用；而化學肥料養分含量高，施用量少。

4）有機肥料肥效時間長； 化學肥料肥效期短而猛，容易造成養分流失，污染環境。

5）有機肥料來源于自然，肥料中沒有任何化學合成物質，長期施用可以改善農產品品質；