土壤就像是一個大的交換器，能夠把我們投入的肥料源源不斷地轉化成為可以被根系吸收的狀態。在蔬菜栽培中，要想土壤能夠穩定地工作，就要保證土壤的各個組成部分沒有問題且協調一致。
土壤有機質是土壤固相部分的重要組成成分，盡管土壤有機質的含量只占土壤總量的很小一部分，但它對土壤肥力、土壤耕性影響很大。資料顯示，在一定范圍內，有機質的含量與土壤肥力水平呈正相關。
土壤有機質的含量在不同土壤中差異較大，含量高的可達20%或30%以上，含量低的不足1%。而適合蔬菜栽培的土壤有機質應保持在20%以上。壽光市土壤肥料測試與研究中心提供的數據顯示，有機質含量在20g/kg以上的大棚土壤往往表現出透水透氣性好、供肥能力強、不容易出現板結以及鹽漬化的情況。而大多數的大棚土壤普遍達不到20g/kg這個標準，在這樣的土壤中種植蔬菜如果持續大量施肥就會有發生鹽漬化的風險。
提高土壤有機質，通常采取的辦法就是加大糞肥的投入，如鮮雞糞、豬糞、鴨糞以及稻殼糞、秸稈等等。近幾年市場上出現了較多的商品有機肥，這些以動物糞便、城市垃圾、枯枝落葉等為原料進行發酵腐熟、加工制作后的有機肥也是提高大棚土壤有機質的來源。
總之，土壤有機質就是潤滑劑，有機質含量高的土壤，熱量、水分、氣體以及各種營養代謝協調快速，對蔬菜生長十分有利。
土壤酸堿度影響著土壤的供肥能力和蔬菜的健康生長。多數的蔬菜喜歡中性土壤，即pH值在6.5-7.5之間。資料顯示，土壤中的各種礦質營養在酸堿度為中性時有效性最高，土壤偏酸或偏堿都會影響一部分元素，尤其是微量元素的吸收。
在酸性土壤中，土壤中的磷酸易與鐵、鋁離子結合成不溶物而被固定，影響蔬菜對磷的吸收；鉀、鈣等元素易被過多的氫離子取代而淋失掉；另外，酸性土壤中銅、鋅、錳、硼等微量元素溶解增大，如果再增施微肥，有可能使蔬菜受害。而在堿性土壤中，水溶性磷酸根又易與鈣結合成難溶的磷酸鈣，降低肥效；還固定鐵鋅等微量元素，使蔬菜發生缺鐵癥。
土壤pH值為6—8時，有效氮含量較高；pH值為6.5左右時，磷的有效性最高；pH值大于6時，土壤鉀、鈣、鎂含量高；pH值為4.7—6.7時；硼的有效性高；pH值大于7時，硼的可溶性明顯降低。
向土壤中持續大量投入肥料，土壤全鹽含量必會有所升高，如果土壤中全鹽含量達到一定范圍之后，土壤便會有鹽漬化的趨向，同時由于全鹽含量升高，土壤溶液濃度過大，將直接影響蔬菜根系的生長。
土壤全鹽一方面可反映土壤礦質元素的含量情況，更重要的是能夠判斷土壤是否健康，是否適宜種植蔬菜。大棚土壤的全鹽含量要控制在2g/kg以下，這樣才能讓土壤始終保持在可持續供肥的健康狀態，否則土壤全鹽含量一旦超標，那么蔬菜種植于土壤中就像在淹咸菜。輕者蔬菜會出現長勢不良，嚴重的會出現蔬菜陸續死亡甚至拔園。
蔬菜栽培中有一個很著名的理論——木桶效應，它證明蔬菜的產量是由含量最少的養分決定的，也就是說在土壤中如果有一種必須的營養物質缺乏，即使其他的營養物質再大量補充也不會獲得良好的產量。
而在蔬菜栽培種，土壤中的中微量元素由于吸收消耗以及來自其他養分的拮抗等原因，常常在蔬菜上表現出缺乏的情況。一方面可能是土壤中真的缺少這些中微量元素，另一方面可能是由于其他大量元素使用過多，抑制了這些中微量元素的吸收。
因此，在全面了解土壤中微量元素含量的狀況下，及時補充缺乏的元素，同時合理使用其他大量元素，避免在土壤中離子間的相互拮抗，從而提高土壤中微量元素的吸收利用效率。
土壤中微生物的種類較多，有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物等。數量也很大，l克土壤中就有幾億到幾百億個。大部分土壤微生物對作物生長發育是有益的，它們對土壤的形成發育、物質循環和肥力演變等均有重大影響，當然也有那么些不被人喜歡的致病微生物。那么微生物在土壤中究竟有哪些作用呢？
首先，土壤微生物可以形成土壤結構。土壤并不是單純的土壤顆粒和化肥的簡單結合，作為土壤的活躍組成分, 土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成真正意義上的土壤。
其次，土壤微生物最顯著的成效就是分解有機質，比如施入土壤中的有機肥料等，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。
再次，土壤微生物還可以分解礦物質，土壤微生物的代謝產物能促進土壤中難溶性物質的溶解。例如磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質肥料加工成作物可以吸收利用的形態。
另外，土壤微生物還有固氮作用，氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產車間。
微生物還可以降解土壤中殘留的有機農藥、城市污物和工廠廢棄物等，把他們分解成低害甚至無害的物質，降低殘毒危害。
土壤中既包含有各種礦質養分，當然也含有蔬菜不喜歡的有害物質，比如氯、鈉離子以及重金屬離子，這些東西如果大量積累在土壤中，就會對蔬菜產生危害，影響蔬菜生長，引發食品安全問題。而對于大棚土壤來說，有害物質的增加主要是由施肥引發的，譬如使用一些不合格的肥料以及含有重金屬的偽劣肥料，就會使土壤有害物質增加，最終影響到蔬菜栽培。
因此，科學、合理使用正規肥料產品，也是保持土壤可持續發展的一個重要因素。
